In die schriftliche Geschichte tritt Markkleeberg 1190, als ein Bere de Cleb[er]g den Verkauf des Dorfes Altranstädt bezeugt. Dieser niedere Adlige saß vermutlich auf der kleinen, später durch Rittergut und Schloss überbauten Wasserburg im Schutze der Pleiße. Das Torhaus bildete den einzigen Zugang. Bis 1350 befand sich Markkleeberg im Besitz derer „von Cleberg“, danach wird Heinrich von Haldecken mit dem Gut belehnt.
Moritz von Starschedel gewährt hier 1592 Calvinisten Zuflucht. 1621 übernahm es ein Leipziger Kaufmann. 1664 wurde das Torhaus erneuert und erhielt zwei Sitznischenportale. Später übernahm das Gut die Familie von Fullen und 1731 die von Lohse. Mitte des 18. Jahrhunderts entstand das heutige Herrenhaus.
In der Zeit der Völkerschlacht war F. W. Heinrich von Funcke Besitzer. Als letzter Eigentümer kaufte Dr. Paul Hoppe 1933 das Rittergut von der Familie von der Crone. Er hatte es bereits 1917 gepachtet. Als Folge der Bodenreform wurde er 1945 enteignet und sollte ausgewiesen werden.
Es entstand ein Versuchsgut der Universität Leipzig. Das Torhaus wurde Neubauernstelle. Zwischendurch erwog man 1947 sogar den Abriss des Herrenhauses und des Torhauses, jedoch richtete man im Herrenhaus ein Kinderkrankenhaus und später ein Alten- und Pflegeheim ein.
1991 erklärte das sächsische Staatsministerium das Südliche Schlachtfeld der Völkerschlacht bei Leipzig zum Flächendenkmal. Alljährlich im Oktober treffen sich hier, am Völkerschlachtdenkmal in Leipzig und an den Torhäusern in Dölitz und Markkleeberg die Traditionsvereine aus Europa zum Gedenken an die Opfer der Völkerschlacht. Im Rahmen dieser Feierlichkeiten finden Kranzniederlegungen, Gottesdienste, Konzerte, Diskussionsforen, Biwaks und auch Gefechtsdarstellungen statt.
1996 begann der neugegründete Förderverein „Historisches Torhaus zu Markkleeberg 1813“ e.V. mit der Rekonstruktion des im gleichen Jahr privatisierten Hauses.
